Günümüzde bebeklere, donanımlı hastanelerde, deneyimli anestezist denetiminde genel anestezi verilebilmekte ve çocuk cerrahisi ameliyatları çocuk cerrahlarınca yapılabilmektedir. 

Doğum öncesi saptanan hidronefroz/hidroüreteronefroz olgularında doğum sonrası ayrıntılı incelemelerle hidronefroz/hidroüreteronefrozun nedeni araştırılmalıdır.

Doğumsal veya kazanılmış; pıhtılaşma sorunu olan hastalarda (hemofili, trombosit işlev bozuklukları), anestezi riskini artıracak ağır sistemik hastalığı bulunan hastalarda ve onarımı tamamlanmamış ağır hipospadiyaslı olgularda sünnet yapılmaması uygun olur.

Sünnet zorunlu durumlar dışında 9 ay – 3 yaş arasında veya 6 yaştan sonra, genel anestezi altında ve deneyimli hekimler tarafından yapılmalıdır.

Testis torbaya inmezse (veya indirilmezse) her iki testisin üreme işlevi olumsuz etkilendiği, inmeyen testis olan tarafta kasık fıtığı gelişimi ve inmeyen testisin kendi etrafında dönerek dolaşımının etkilenmesi olasılığı arttığı, inmeyen testisin travmaya maruz kalabildiği, büyük yaşlarda olumsuz bazı hastalıklar oluşabileceği ve skrotumun boş olmasının çocuğun psikolojisini etkileyebileceği belirtilmektedir.

Çocuklarda inmemiş testis tanısı konulduktan sonra 1,5 yaşına (kimilerine göre 9 ay, 1 yaş, 2 yaş) kadar kendiliğinden inmesi beklenir, testis kendiliğinden inmezse ameliyatla torbaya indirilmelidir.

Çocuklarda kasık fıtığı ameliyatı tanı konulduktan sonra mümkün olan en yakın zamanda yapılmalıdır.

Peygamber sünnetli (hipospadiyas) terimi, sünnet derisinin bir kısmının doğuştan olmaması ve idrar deliğinin normalden daha geride yerleşmesi durumunu tanımlar.

Bu tür çocuklar doğduklarında idrar deliğinin yeterli açıklıkta olup olmadığına dikkat edilir ve onarım yapılana kadar sünnet ettirilmemesi önerilir.

Onarım idrar deliğinin yerleşimine, peniste öne bükülme, ek anormali ve endokrinolojik sorun bulunup bulunmamasına göre tek evreli veya birden fazla evreli olarak yapılmaktadır. Onarım genellikle 6 aydan sonra yapılmaktadır.